ওয়াকফ এস্টেটের মাদরাসার প্রিন্সিপাল আনিসুর রহমানকে নানা অনিয়ম, অর্থ আত্মসাৎ ও স্বেচ্ছাচারিতার অভিযোগে ২০১৭ সালে কর্তৃপক্ষ কারণ দর্শানোর নোটিশ দেয়। পরবর্তীতে নোটিশের কোনো জবাব না পাওয়ায় ওই বছরই তাকে চাকরি থেকে বরখাস্ত করা হয়। কারণ দর্শানোর ও বরখাস্তের বিষয়ে ক্ষিপ্ত হয়ে তৎকালীন মন্ত্রী ও ঢাকা-১৮ আসনের এমপি অ্যাডভোকেট সাহারা খাতুনের প্রভাব খাটিয়ে আনিসুরের অনুসারীরা ওয়াকফ এস্টেটের মুতাওয়াল্লি ও সভাপতি সৈয়দ মুশতাক হোসেনের ওপর হামলা চালায়। বাবুস সালাম ওয়াকফ এস্টেট মসজিদ, মাদরাসা ও মার্কেট দখল করে নেন আনিসুরের অনুসারীরা।

সিআইডি ওয়াকফ প্রশাসন বরাবর ওই আসামিদের দোকান ভাড়া আদায়, চুক্তিপত্র বরাদ্দ অনুমতি ছিল কি না, তা যাচাইয়ে প্রতিবেদন দেওয়ার জন্য ওয়াকফ প্রশাসনকে অনুরোধ করেন। পরে ওয়াকফ প্রশাসন সিআইডিকে জানায়, মামলার আসামিদের বাবুস সালাম ওয়াকফ এস্টেট পরিচালনা, দোকান ভাড়া উত্তোলন ও চুক্তিপত্র বরাদ্দ বিষয় সংক্রান্ত কোনো অনুমতি দেয়নি তারা। পরে মাওলানা আনিসুর রহমান হাইকোর্টে দুটি রিট পিটিশন করেন। পরবর্তীতে রিট পিটিশন দুটি হাইকোর্ট খারিজ করে দেন। এই তথ্য গোপন করে পুনরায় ওয়াকফ প্রশাসনের করা ২০২৩ সালের ভাড়ার নোটিশের বিরুদ্ধে রিট পিটিশন দায়ের করেন মাওলানা আনিসুর।

ওই রিট পিটিশন মামলায় ওয়াকফ্ ও অন্যান্য পক্ষসহ সকল বিবাদীপক্ষ মামলাটি খারিজের আবেদন করেন। কিন্তু আদালত  ২০২৩ সালে অবসরপ্রাপ্ত বিচারপতি নুরুজ্জামান ননীকে ১

লাখ ১০ হাজার টাকা বেতন-ভাতায় স্টেট পরিচালনার জন্য প্রশাসক হিসেবে নিয়োগের আদেশ দেন। একই সঙ্গে সংবিধান সংস্কার ও সংসদ নির্বাচনে দাবি জেএসডির অভিযোগ আছে, আনিসুর রহমান আদালতের দেয়া ২০১৭ সালের আদেশ ও ওয়াকফ্ প্রশাসনের সকল আদেশ লঙ্ঘন করে ২০১৭ থেকে ২০২৪ সাল পর্যন্ত এস্টেটের সকল খাতের আয়ের ১০ কোটি টাকা ওয়াকফ্ নির্ধারিত ব্যাংক হিসাবে জমা না করে আত্মসাৎ করেন। পরে তার বিরুদ্ধে বিভিন্ন দোকান মালিক বিভিন্ন সময়ে থানা ও কোর্টে জাল- জালিয়াতি, অর্থ আত্মসাৎ, প্রতারণার অভিযোগে মোট ১০টি মামলা দায়ের করেন। মামলাগুলো বিভিন্ন তদন্তকারী সংস্থা সরেজমিনে তদন্ত করে অভিযোগের সত্যতা পায়। তারা সংশ্লিষ্ট আদালতে চার্জশিট দাখিলও করে। এ ব্যাপারে মাদরাসার বর্তমান মোতাওয়াল্লী সৈয়দ মুশতাক হোসেনের আইন বিষয়ক প্রতিনিধি ইঞ্জিনিয়ার নাজমুল ইসলাম ভূঁইয়া বলেন, আদালতের রায় পাওয়ার পরও আমরা মাদরাসায় গেলে গত ১ এপ্রিল কিছু ছাত্র এবং আওয়ামী পন্থী লোকজন দিয়ে হামলা চালিয়ে আমাদের হত্যার চেষ্টা চালানো হয়। হামলায় ওয়াকফের প্রতিষ্ঠাতা, সাবেক মোতায়াল্লী ও সভাপতি সৈয়দ মোশতাক হোসেন রতন এবং আমিসহ অনেকেই মারাত্মকভাবে আহত হই। পরে পুলিশ এবং সেনাবাহিনী মাদরাসায় এসে পরিস্থিতি নিয়ন্ত্রণে আনে।