এক শোক বার্তায় উপদেষ্টা মরহুমের বিদেহী আত্মার মাগফিরাত কামনা করেন এবং শোকসন্তপ্ত পরিবারের প্রতি গভীর সমবেদনা জানান।তিনি বলেন, বাংলাদেশের শিক্ষাক্ষেত্রে পরমাণুবিজ্ঞানী ড. শমশের আলীর অসামান্য অবদান রয়েছে। তিনি বহুমুখী প্রতিভার অধিকারী ছিলেন।তাঁর মৃত্যু দেশের জন্য এক অপূরণীয় ক্ষতি।উল্লেখ্য, ড. শমশের আলী শনিবার দিবাগত রাত ৩টা ৩০ মিনিটে ঢাকার একটি হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় ইন্তেকাল করেন (ইন্না লিল্লাহি ওয়া ইন্না ইলাইহি রাজিউন)। তার বয়স হয়েছিল ৮৭ বছর।