ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষক থাকা অবস্থায় ড. শওকাত আলী কোভিড-১৯ এ আক্রান্তদের উন্নত চিকিৎসা দেয়ার জন্য সারাদেশে ১ হাজার ২০০ নার্সসহ ২৭৯৮টি পদেজনবল নিয়োগ করা হয়। ২০২৩ সালের জুন মাসে অনুষ্ঠিত এই পরীক্ষায় খাতা সৃজন, টেম্পারিং ও জালিয়াতির অভিযোগ ওঠে  বর্তমান ভিসি ড. শওকাত আলীসহ চার জনের বিরুদ্ধে। মামলার এজাহারে আসামিদের বিরুদ্ধে পরস্পর যোগসাজশে জাল-জালিয়াতির মাধ্যমে খাতা প্রণয়ন এবং অফিশিয়ালি সরবরাহ করা উত্তরপত্র বর্তমানে থাকা উত্তরপত্র দ্বারা কোনো একপর্যায়ে প্রতিস্থাপিত করার অভিযোগ আনা হয়। আসামিদের বিরুদ্ধে দন্ডবিধি ৪০৯, ৪৬৭, ৪৬৮, ৪৭১, ৪৭৭ (ক) ও ১৯৪৭ সালের দুর্নীতি প্রতিরোধ আইনের ৫ (২) ধারায় মামলা দায়ের করা হয়। দুদকের প্রধান কার্যালয়ের উপ-পরিচালক মো. ফারুক আহমেদ বাদী হয়ে মামলাটি করেন। বর্তমানে মামলাটি চলমান রয়েছে।

মামলার বিষয়টি জানতে চাইলে তিনি মিটিংএ আছেন জানিয়ে পরে কথা বলতে চান। সুজন, রংপুর জেলা কমিটির সভাপতি অধ্যক্ষ ফখরুল আনাম বেঞ্জু কালের কণ্ঠকে বলেন, ‘এটি অত্যন্ত দুঃখজনক এবং লজ্জাজনক। রংপুরবাসীর জন্য দুর্ভাগ্যজনক। আমরা মনে করি যে বিদ্যাপীঠ থেকে আদর্শবান, মানবিক মানুষ বের হবে সেখানকার প্রধানরাই এমন দুর্নীতিগ্রস্ত হলে তা সত্যিই আমার জন্য দুর্ভাগ্য। আমি সরকারকে অনুরোধ করব, এখনো সময় আছে বিশ্ববিদ্যালয়টিকে ঢেলে সাজাতে হবে।’