তিনি দীর্ঘদিন ধরে বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী দল-বিএনপির রাজনীতির সঙ্গে সম্পৃক্ত। দলীয় রাজনীতিতে তিনি নিষ্ঠাবান ও দক্ষ সংগঠক হিসেবে সুপরিচিত। শহীদউদ্দীন চৌধুরী এ্যানি বর্তমানে বিএনপির যুগ্ম-মহাসচিব। ১৯৮০ সালে শহীদ রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমান লক্ষ্মীপুরে মূসার খাল খনন কর্মসূচিতে এলে সেই কর্মসূচি পালনের মধ্য দিয়ে স্কুল জীবনেই তিনি বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী ছাত্রদলের রাজনীতিতে সম্পৃক্ত হন। ১৯৮৩ সালে তিনি ঢাকা তেজগাঁও কলেজ ছাত্রদলের সদস্য হন। পরবর্তীতে তিনি সরকারী বিজ্ঞান কলেজ ঢাকায় ভর্তি হন এবং সেখানেও ছাত্রদলের রাজনীতির সাথে সম্পৃক্ত ছিলেন। ১৯৮৫ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের শহীদুল্লাহ হল ছাত্রদলের সদস্য নির্বাচিত হন। ১৯৮৭ সালে তিনি ছাত্রদলের সিনিয়র যুগ্ম আহ্বায়ক এবং ১৯৮৮ সালে সাধারণ সম্পাদক নির্বাচিত হন। ১৯৮৯ সালে তিনি জিয়াউর রহমান হল ছাত্র সংসদের জিএস নির্বাচিত হন।

১৯৯০ সালে তিনি সর্বোচ্চ ভোটে ডাকসুর সদস্য নির্বাচিত হন এবং তিন বার ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের সিনেটে ডাকসুর ছাত্র প্রতিনিধি হিসেবে প্রতিনিধিত্ব করেন। পরবর্তীতে, ১৯৯২ সালে তিনি ডাকসুর ভারপ্রাপ্ত ভিপি ও ভারপ্রাপ্ত সাহিত্য সম্পাদক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৩ সালে তিনি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় ছাত্রদলের আহবায়ক ও ১৯৯৩-১৯৯৬ সাল পর্যন্ত যুগ্ম সাধারণ সম্পাদকের দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৬-১৯৯৮ সালে তিনি কেন্দ্রীয় ছাত্রদলের সভাপতির দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৯ সালে বিএনপির কেন্দ্রীয় নির্বাহী কমিটির সদস্য নির্বাচিত হন। ২০০৯ সালে তিনি বিএনপির কেন্দ্রীয় নির্বাহী কমিটির ছাত্র বিষয়ক সম্পাদক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ২০১৬ সাল থেকে বিএনপির কেন্দ্রীয় কমিটির প্রচার সম্পাদকের দায়িত্বের পাশাপাশি তিনি বর্তমানে বিএনপির ত্রাণ ও পুনর্বাসন কমিটির সমন্বয়ক, বিএনপি মিডিয়া সেলের সদস্য সচিব এবং লক্ষ্মীপুর জেলা বিএনপির আহবায়কের দায়িত্ব পালন করে আসছেন।

বর্তমানে তিনি ২০২৬ সালে ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে তৃতীয়বারের মতো লক্ষ্মীপুর সদর-৩ আসন থেকে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন এবং বিএনপি’র নেতৃত্বাধীন গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের পানি সম্পদ মন্ত্রণালয়ের দায়িত্ব গ্রহণ করেছেন। পূর্বে তিনি বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী দলের একজন রাজনীতিবিদ এবং লক্ষ্মীপুর-৩ (সদর উপজেলা) আসনের সংসদ সদস্য ছিলেন এবং ২০০১ ও ২০০৮ সালের নির্বাচনে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হয়েছিলেন। তিনি লক্ষ্মীপুর-৩ (সদর উপজেলা) থেকে ২০০১ সালের অষ্টম জাতীয় সংসদ ও ২০০৮ সালের নবম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী দলের (বিএনপি) প্রার্থী হিসেবে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হয়েছিলেন।

অষ্টম জাতীয় সংসদে তিনি শিক্ষা মন্ত্রণালয় সংসদীয় সম্পর্কিত স্থায়ী কমিটি এবং দুর্যোগ ব্যবস্থাপনা ও ত্রাণ মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত সংসদীয় স্থায়ী কমিটির সদস্য ছিলেন। নবম জাতীয় সংসদে তিনি বস্ত্র ও পাট মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত সংসদীয় স্থায়ী কমিটি এবং বিজ্ঞান ও তথ্য প্রযুক্তি মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত সংসদীয় স্থায়ী কমিটির সদস্য হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

২০০১-২০০৮ সাল পর্যন্ত তিনি সর্বদলীয় সংসদীয় গ্রুপ (APPG) এর ভাইস চেয়্যারম্যান নির্বাচিত হন। ২০১০ সালে তিনি এই দলের ভাইস চেয়্যারম্যান হিসেবে নিউইয়র্কে জাতিসংঘ সভায় প্রতিনিধিত্ব করেন। ২০১৩ সালে বাংলাদেশ জাতীয়  সংসদে বিরোধী দলীয় চিফ হুইপ (ভারপ্রাপ্ত) হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

পারিবারিক জীবনে তিনি পারভীন আক্তার চৌধুরীর সাথে বিবাহ বন্ধনে আবদ্ধ হন। এই দম্পতির দুই পুত্র ও এক কন্যা সন্তানের রয়েছে।

রাষ্ট্র সমাজ ‍ও পরিবারের প্রতি দায়িত্বশীল মোঃ শহীদউদ্দীন চৌধুরী এ্যানি রাজনীতিতে সততা, নিষ্ঠা ও পরিশ্রম ও নৈতিকতার আদর্শ ধারণ করে রাজনীতি, সমাজসেবা ও কর্মজীবনে সমানভাবে অবদান রেখেছেন।