যুদ্ধ চলাকালে গত ১৬ জুন ইরানের সুপ্রিম ন্যাশনাল সিকিউরিটি কাউন্সিলের জরুরি সভায় যোগ দিয়েছিলেন তিনি। একটি গোপন ভূগর্ভস্থ স্থাপনায় ওই সভা চলাকালে ইসরায়েল সেই স্থাপনার উভয় দিকের প্রবেশপথে বোমা হামলা চালায়।এ সময় জরুরি বের হওয়ার পথ দিয়ে তিনি ও অন্যরা বের হয়ে আসার সময়ই তার পায়ে সামান্য আঘাত লাগে। ইরানি কর্তৃপক্ষ দাবি করেছেন, হিজবুল্লাহপ্রধান হাসান নাসরাল্লাহকে যেভাবে হত্যা করা হয়েছিল, ইরানি প্রেসিডেন্টকেও একইভাবে হত্যা করতে চেয়েছিল ইসরায়েল। এ কারণে তারা ভবনটিতে ঢোকার ও বের হওয়ার ছয়টি পয়েন্টে ক্ষেপণাস্ত্র ছোড়ে। যেন সেখানে বাতাসের প্রবাহ বন্ধ হয়ে যায় এবং দম বন্ধ হয়ে তারা মারা যান।তবে আগে থেকেই প্রস্তুতি নেওয়া থাকায় আরেকটি বহির্গমন পথ ব্যবহার করে সেখান থেকে তারা বের হয়ে যেতে সমর্থ হন। এই হামলার সঙ্গে ইসরায়েলি গুপ্তচর জড়িত ছিল বলে ধারণা করা হচ্ছে। কারণ দখলদাররা খুব সূক্ষ্ম তথ্যের ভিত্তিতে হামলাটি চালিয়েছে।এর আগে গত সপ্তাহে পেজেশকিয়ান অভিযোগ করেন ইসরায়েল তাকে হত্যার চেষ্টা করেছিল।সেই অভিযোগ অস্বীকার করলেও ইসরায়েলি কর্মকর্তারা স্বীকার করেছিলেন যে, আয়াতুল্লাহ আলী খামেনি তাদের টার্গেট ছিলেন। কিন্তু তাকে যখন বাইরের বিশ্ব থেকে বিচ্ছিন্ন একটি গোপন জায়গায় সরিয়ে নেওয়া হয়, তারপর থেকে তারা তার খোঁজ হারিয়ে ফেলেছিল।