তৎকালীন সরকার রাজনৈতিকভাবে দলটিকে দুর্বল করতে তারেক রহমানের বিরুদ্ধে একের পর এক মামলা করে।গ্রেপ্তারের পর প্রায় ১৮ মাস কারাগারে ছিলেন তিনি। পরে ২০০৮ সালের ৩ সেপ্টেম্বর তিনি জামিনে মুক্তি পান এবং উন্নত চিকিৎসার জন্য বিদেশে যান। ১/১১ সরকারের ধারাবাহিকতায় ফ্যাসিস্ট আওয়ামী লীগ সরকারও তারেক রহমানের বিরুদ্ধে সারা দেশে শতাধিক মামলা দায়ের করে। বিএনপি নেতারা জানান, তারেক রহমানের বিরুদ্ধে দায়ের করা মামলাগুলো রাজনৈতিক উদ্দেশ্যপ্রণোদিত ছিল।