নিশাপুর ত্যাগ করার পর ইমাম বুখারি (রহ.) নিজের জন্মভূমি বুখারায় ফিরে আসেন। তাঁর জ্ঞান ও মর্যাদার কারণে সেখানে তিনি আবারও মানুষের আগ্রহের কেন্দ্রে পরিণত হন। শিক্ষার্থীরা তাঁর কাছ থেকে হাদিস শোনার জন্য সমবেত হতে থাকেন। কিন্তু জন্মভূমিতে প্রত্যাবর্তনও তাঁর জীবনের সব সংকটের অবসান ঘটাতে পারেনি।
সে সময় বুখারার শাসনকর্তা ছিলেন খালিদ ইবনে আহমদ। তিনি ইমাম বুখারিকে নিজের বাসভবনে গিয়ে তাঁর সন্তানদের জন্য পৃথকভাবে হাদিস পড়ানোর অনুরোধ জানান। ইমাম বুখারি এ প্রস্তাবে সম্মত হননি। তাঁর অবস্থান ছিল, জ্ঞানার্জনের জন্য শিক্ষার্থীদের আলেমের কাছে আসা উচিত এবং জ্ঞানচর্চার মজলিসকে সবার জন্য উন্মুক্ত রাখা প্রয়োজন। তাঁর এই অবস্থান শাসকের অসন্তোষের কারণ হয়ে দাঁড়ায়। শেষ পর্যন্ত তাঁকে বুখারা ত্যাগ করতে হয়। যে নগরে তাঁর জন্ম, সেই নগরই তাঁর জীবনের শেষ অধ্যায়ে তাঁর জন্য অনিরাপদ হয়ে ওঠে।
বুখারা থেকে বেরিয়ে তিনি সমরকন্দের নিকটবর্তী খাতরাঙ্গ গ্রামে আত্মীয়দের কাছে আশ্রয় নেন। সেখানেই তিনি ২৫৬ হিজরির শাওয়াল মাসের প্রথম রাতে, ঈদুল ফিতরের প্রাক্কালে ইন্তেকাল করেন।
তথ্যসূত্র : সিয়ারু আলামিন নুবালা। ইমাম বুখারি (রহ.)-এর জীবনী, খণ্ড ১২, হাদিউস সারি মুকাদ্দিমাতু ফাতহিল বারি, আল-জারহ ওয়াত-তাদিল, তাবাকাতুল হানাবিলা ও আল-জামিউস সহিহ।